المتحف الأتونى بالمنيا، فهو حلم اقترب تحقيقه بعد الانتهاء من مرحلتين وجارى العمل بالمرحلة الثالثة بالمتحف على ضفاف النيل من الناحية الشرقية، وعقب الانتهاء منه سوف يكون قبلة سياحية تستقبل الزائرين من مختلف أنحاء العالم، وكذلك السياحة الداخلية.

وتم إنشاء المتحف على شكل هرم، على مساحة 25 فدانًا بشكل أشبه لتصميم الأهرامات وسيضم مقتنيات للملك إخناتون وزوجته الملكة نفرتيتي التي عثر عليها بمقبرتهما، ومجموعة من قطع أثرية تعود لفترة إخناتون، كما يعد المتحف الآتوني بالمنيا ثالث أكبر المتاحف في مصر وأكبر متاحف صعيد مصر، وتعود فكرة إنشائه إلى عام 1979 كتوثيق لتاريخ الفراعنة في المنيا وقصة مدينة "أخت تون" المعروفة بتل العمارنة وقصة الملك إخناتون مع الملكة نفرتيتي وفكرة توحيد الألهة بهذه المدينة التي عاش فيها إخناتون نحو 17 عامًا.

استكملت مراحل تنفيذ المتحف عام 2014، وشملت المرحلة الثانية واجهات مبنى المتحف الرئيسي، وأعمال التكييف المركزي، والمصاعد، وأعمال شبكة المياه، ومبنى مركز الشرطة السياحي، بتكلفة 55 مليون جنيه وفى أواخر العام قبل الماضي بدأ العمل فى المرحلة الثالثة والأخيرة، بتكلفة 73 مليون جنيه، والتي تشمل أعمال التشطيبات الداخلية لمبنى المتحف الرئيسي، واستكمال الأعمال المدنية بالموقع العام، إلى جانب جميع أعمال الكهرباء، واستكمال أعمال التكييف والحريق.

​ويتكون المتحف الأتونى بالمنيا من 14 قاعة للعرض المتحفى، وقد يصل عدد القطع الأثرية المقرر عرضها عند افتتاحه إلى 10 آلاف قطعة أثرية، والقاعة الرئيسية تحكى تاريخ مدينة المنيا عبر العصور المختلفة أما باقى القاعات فتحتوي على قطع أثرية تسرد تاريخ وفن الفترة الآتونية، إضافة إلى مسرح وسينما وقاعة مؤتمرات تسع حوالي 800 فرد ومكتبة أثرية ومنطقة بازارات بها 19 بازارًا، و5 بحيرات صناعية تطل على النيل، وعددًا من الكافيتريات، إضافة إلى مبنى إداري به مركز لتدريب العاملين وآخر لإحياء الصناعات والحرف التراثية.