تم افتتاح متحف مقتنيات جامعة الإسكندرية بالدور الخامس بمبنى الإدارة العامة لشئون المكتبات، حيث يضم مجموعة كبيرة ومتنوعة من المقتنيات الأثرية والتاريخية والمخطوطات والكتب والصور التراثية، كما يضم مجموعة من الكنوز الثقافية والوثائق النادرة والتي تم الحفاظ عليها بشكلها الطبيعي وتقديمها للجمهور بشكل عصري وحديث، وأيضًا المجموعات الوثائقية التي يضمها المتحف مجموعة من المخطوطات النادرة المكتوبة، كما أن مقتنيات المتحف تخضع إلى ترميم بشكل دوري لتوفير الجو المناسب من حرارة ورطوبة ولمنع تلف المخطوطات النادرة، ومن المتوقع أن يكون المتحف مقصدًا ومزارًا ثقافيًا وسياحيًا هامًا وإضافة غير مسبوقة لجامعة الإسكندرية وسيكون صرح أثري وعلمي عريق تفخر به جامعة الإسكندرية بما يحتويه من مقتنيات تراثية قيمة ونادرة، كما سيدعم الباحثين والاثريين وعملية البحث العلمي في مختلف المجالات المعرفية من كافة الدول للاطلاع على مقتنياته النادرة، كما يتكون المتحف من ثلاث قاعات كبرى:

• القاعة الأولى: تضم مجموعة من التراث النادر لجامعة الإسكندرية الذي يتضمن أوائل الرسائل الجامعية وشهادات تخرج أشهر الخريجين وخرائط بناء الجامعة، وأهم المخطوطات في المجالات العلمية والكتب النادرة مثل وصف مصر والفرمانات العثمانية.

• القاعة الثانية: وهي مخصصة لكتب الديانات وتضم ١٠٩٥ مخطوطًا باللغة العربية و١٣٩ مخطوطًا شرقيًا منها ٢٤ مخطوطًا بالفارسية و١١٥ مخطوطًا بالتركية.

• القاعة الثالثة: تضم الكتب التراثية وعددها ١٣٢٧ مجلدًا وتضم مجموعات نادرة وقيمة يرجع بعضها للقرن السادس عشر والسابع عشر الميلادي.